Pemodelan Interaksi Antara Reseptor dengan Obat

Bentuk tigadimensi dari kedua ligan dan sisi target dapat ditentukan dengan kristalografi sinar-X atau metode komputasi kuantum atau mekanika molekul. Perhitungan kuantum mekanik membutuhkan daya komputasi lebih jauh dan mekanika molekuler adalah sumber yang lebih berguna dari struktur tiga dimensi. Apakah data kristal yang cukup adalah yang tersedia dihasilkan komputer tiga dimensi dapat dibangun menggunakan struktur tiga dimensi yang diperoleh dari database. Seperti database cambridge dan bookhaven. Struktur tiga dimensi dengan metode ini dapat ditampilkan baik sebagai tongkat atau ruang mengisi gambar pada layar komputer (gambar dibawah ini). Namun, dalam semua kasus, akurasi struktur yang diperoleh akan tergantung pada keakuratan data yang digunakan dalam senyawa tersebut.

Contoh model tongkat dan ruang mengisi yang ditampilkan oleh paket grafis

Struktur tiga dimensi yang dihasilkan di layar komputer dapat dimanipulasi di layar untuk menunjukkan pandangan yang berbeda dari struktur. Selain itu, dengan program yang lebih kompleks sangat memungkin untuk menempatkan satu struktur di atas yang lain. Dengan kata lain adalah mungkin  dapat mengetahui situs target. Suatu proses menerjemahkan dikenal sebagai docking (gambar 2.19). Hal ini memungkinkan ahli kimia obat untuk mengevaluasi potensi obat ke situs target mereka. Selain itu, penggunaan kode warna untuk menunjukkan sifat atom dan kelompok fungsional hadir dalam struktur tiga dimensi juga memungkinkan ahli kimia obat untuk menyelidiki potensi pengikatan ligan ke situs target. Namun, harus diingat bahwa dalam banyak kasus mengikat ini harus lemah karena obat harus mampu meninggalkan situs reseptor setelah itu baru diaktifkan (Lihat bagian 8.6.1). Jika ligan adalah cocok dan kelompok fungsional diposisikan sehingga mereka dapat bertindak antar dengan struktur situs target yang diusulkan, kemungkinan secara biologis aktif.

Docking DBS-120 ke Fragmant DNA: (a) Model CPK; (b) Model Dreiding

Masalah utama dalam menggunakan metode ini adalah tidak semua molekul mempunyai struktur yang rigits akibat dari fomula molekul tradisional. Sistem cicin jenuh dan sistem konjugasi memberi struktur molekul yang tidak memililki kerigitan tetapi dengan adanya ikatan tunggal yang simpel memberikan hasil struktur yang fleksibel secara bentuk  dan tidak tergantung kepada energi yang ada pada lingkungan setiap waktunya. Artinya konformasi oleh ligan dan target tentunya tidak sama ketika ditentukan dengan menggunakan metoda komputasi ataupun metoda sinar X kristalograpi. Namun, kimia komputasi mempunyai aplikasi untuk analisis konformasi dan teknik nomor, seperti metoda Monte Carlo metropolis dan Comperative Moleculer Field Analysis (CoMFA), yang memiliki kemampuan untuk mengembangkan pengaruh dari efek perubahan konformasi pada efektivitas prosedur docking.